在禪堂禪修的流程是行香、站香、坐香，不論是行香、站香或坐香，都要細心注意調身、調息、調心。以坐香來講，入坐之後必須先做調身跟調息的動作，然後再進入調心。為什麼要先調身、調息，因為控制心念的力量，來自身體的姿勢與呼吸。身體的姿勢如果不能坐得正確，無法調得鬆柔，呼吸假如不能調得順暢，就沒有力量、本事去處理我們善惡的心念。因此沒有調心之前，要先將身、息調好，就是這個原因。現在先說明如何調身：
上座坐禪之時，是由粗至細，由動入靜；下座之時，由細至粗，由動出靜。上座下座皆不應急躁、粗暴，尤其下座，更應輕輕動身，徐徐作下座的動作，才不致損傷身心。因在坐禪當中，心息寂靜而住，脈氣微細而行，若下座過於頓促，令微細氣息未散，住在身中，則可能引發頭痛、四肢僵硬，如得風勞一般，於下一次坐中會感到煩躁不安。所以上下座時，須注意一些事項：
上座調身
(1)安座位：上座之前，先將座處調整安穩，使久坐之後，不致產生不適之感。
(2)鬆腰帶：手錶、眼鏡、腰帶等一切束縛身體的物件，皆須鬆開，使身完全鬆弛，才不妨礙血液循環。
(3)墊臀部：無論初學或老參，臀部都須墊蒲團，以鬆軟為佳，厚薄隨個人身體需求而異，以能坐得豎直平穩，不阻塞氣脈為妥當。倘是雙盤，所墊蒲團應薄，若是單盤，所墊蒲團須厚。雙盤而墊過厚，則上身不穩；單盤而墊過薄，則雙腿容易酸麻。
(4)裹膝蓋：氣候冷時須包裹膝蓋，以防風寒入侵，若得風濕症，極難治療。
(5)搖身體：將身左右搖動幾次，然後端直，無傾斜之患；或者身體前傾，使尻部凸 出，再緩緩將身豎直。
(6)吐濁氣：口吐濁氣，先自鼻子深吸一口氣，然後開口放出，不可粗急，應緩緩安靜而吐。且作觀想，想身中濁氣隨之而出，如是口吐鼻納，重複三次至七次，若身息調，一次亦可。
(7)含笑容：默念「放鬆」，使面部神經鬆弛，慈容可掬，心情就自然開朗、愉快，若表情生硬枯槁，變成冷峻，內心亦會隨之僵硬。