台南福國寺乃由和妙老和尚於民國五十六年募建，並附設慈航幼兒園，初辦之期除弘法活動另附設青年會，為當時台南地區弘法重心。惜因疏於寺務行政，導致財務困難，和妙老和尚不忍道場就此沉寂，加上認同佛光山開山宗長星雲大師弘揚人間佛教的理念，便禮請星雲大師任福國寺永久住持。於民國六十九年，和妙老和尚正式宣布退居，並將福國寺及慈航幼稚園託付佛光山管理。
在大師的指導及歷屆住持積極推廣弘法活動，福國寺除了例行法會及每周固定活動以外，另設有氣功班、佛畫班、讀經班等課程，定舉辦佛學講座、兒童夏令營，致力於人心淨化，推動人間佛教。
後因八八水災，福國寺受創嚴重，水深及腰，許多設備毀損，不得不重建。至今煥然一新的福國寺，接引著更多人走向菩提大道，使得正信佛教在「文化古城」的台南地區日漸弘揚。