法門寺大約建於東漢桓帝、靈帝年間（西元二世紀），由一代高僧安世高設計建造，到了西魏恭帝二年（西元五五五年 ）小冢宰領歧州牧拓跋育開啟扶風阿育王寺塔，供養佛陀真身舍利。然而這一千多年來，法門寺卻飽經考驗。在這成住壞空的變異世界裡。這枚佛指真身舍利的存在總讓人們無限的戀 慕與渴望，從而生發出難以言喻的力量，寫下許多教人動容的故事。
明隆慶二年（西元一五六八年）一場毀天滅地的大地震，「川原坼裂，郊墟遷移。山谷鳴響，水湧沙溢。城垣、廟宇、官衙、民廬，頃頹摧圮，三秦八百里廣袤阡陌，或壅為崗卓，或陷作溝渠。」將早已為人們所淡忘的法門寺四級木製迴廊式寶塔，瞬間化為一堆破瓦殘礫。當地人士不忍先人基業毀於一旦，紛紛募資，並以重新設計的十三層磚塔結構進行重建。豈料第一層塔基才要蓋好，卻又碰上長達十年的大旱災，大家心有於而力不足。於是法門寺又再度淹沒在荒煙蔓草之中。
法門寺是垮了，但對於從來沒有到過法門寺的人來說，它永遠是供奉有佛陀真身舍利的莊嚴聖地。後來，考古學家在法門寺正殿西牆下，發現一塊長八十三公分、寬一 二九公分的明代石碑，上面寫著：「法門寺，成住壞，空中忽起癡僧債，百尺鐵鎖穿肩筋，欲與如來增氣概。增氣概，爾毋苦，好待當年許玄度。」西元一六０九年整座十 三級八角磚造真身寶塔終告完工，萬曆皇帝亦親臨法門寺參與盛大的慶典。
一九八七年扶風法門寺的挖掘工作，由於地宮漏水、加上擔心殘存的半壁佛塔隨時有坍塌之虞，考古人員幾乎是與時間賽跑，不分晝夜的搶救文物。然而就在前後三室地宮已然清理完畢、大家準備撤離之際，有人卻意外地在後室的正牆底下。發現一個被泥土掩埋的秘密窯室，並從窯室中挖出一個 鏽跡斑斑的鐵函。
這鐵函在《物帳》碑中毫無記載，造形亦不突出。而當時所有人都把重點放在佛指舍利是否還依然存在？第一個想到的當然是那座富麗堂皇的八重寶函。由於地宮內一切的珍寶都圍繞著八重寶函擺設，寶函重要性不言可喻。考古人員果真在寶函內找到了傳聞已久的佛指舍利，大家欣喜若狂，．因為此舍利不但與地宮《物帳》碑上的記載相符，也和唐朝道宣法師在《集神州三寶感通錄》所描寫的極為一致：「佛指長寸二分，內孔方正，外楞亦爾，下平上圓。內外光淨，以指納孔，恰得受指。」
然而隨著第二枚佛指舍利接著被找到。兩枚舍利的造形、材質幾乎一模一樣，到底那一個才是佛陀的真身指骨舍利呢？此時，大家不禁將所有注意力集中到這個神秘的鐵函。考古人員先以利器鑿開鐵函上鏽蝕的子母釘鐵臂，順利打開鐵函。裡面是兩枚水晶寶珠、和一座十七公分立方的鎏金正方體銀函，蓋頂刻有千佛環繞毗盧遮那佛的圖像，四面各雕有童子與花卉裝飾的坐佛一尊，函身東側下側鏨刻有「奉為皇帝敬造釋迦牟尼真身寶函」。再打開銀函，又出現一座以銀包角的檀木函，檀木函裡是一具嵌寶的水晶廓子，內有一玉棺，玉棺中浸泡有一枚舍利，呈現乳黃色的臘般質感、略有裂紋及若千白色霉點，因千年來的浸泡而顯得軟化不能觸摸。後經證實法門寺出土的四枚舍利，其中三枚皆為玉質，只有密龕鐵函中的這枚舍利為骨質，綜合其出土的神秘性與《物帳》碑上「會昌滅佛」的記載，可以確認此乃真身佛指舍利。
或許有人會懷疑佛指舍利堅硬似鋼，怎麼可能軟化發霉呢？根據《魏書‧釋老志》記載：「舍利圓明皎潔，堅硬異常，擊之不壞。焚之不焦。」《法苑珠林》說 ：「若是佛舍利，椎打不破，若是弟子舍利，椎擊便破矣。」三國時的康僧會大師就曾經令人以銅鎚重擊舍利，沒想到鎚子反倒凹陷而舍利無損，使得孫權因而虔信佛教。
影子，乃是物體擋住光線後所投射出來的陰暗形象，自然亦存在有一真實的本體。「一身三影」指的是一九八七年大陸考古學家在清理陝西省扶風縣法門寺坍塌的塔基時，發現深藏在地宮中長達千年的四枚佛指舍利。但是，文獻上明明記載法門寺僅供奉有一枚佛指舍利，為什麼會一次出現四枚？難道是佛祖顯靈、舍利再生不成？在西元前二七二年，佛陀涅槃後兩百多年，古印度孔雀王朝的阿育王為了要弘揚佛法，將八萬四千顆的佛陀舍利分贈世界各地，而中國得到其中的十九顆，當時稱為阿育王寺的法門寺，即擁有釋迦牟尼佛的指舍利而名聞一時。唐太宗李世民救命供養，武則天時更尊奉為「護國真身舍利」，建寶塔、開地宮、廣渡僧尼、御駕侍佛，前後歷經八位皇帝。七次開塔尊迎舍利入宮供奉。會昌二年（西元八四二年）武宗下令毀盡全國佛寺、強迫所有僧人還俗。並指派專人赴法門寺摧毀真身佛指舍利。在法門寺地宮中所發現的《誌文》碑記載：「 洎武皇帝蕩滅真教，坑焚具多，銜天憲者碎殄影骨，上以塞君命，蓋君子從權之道也。緣謝而隱，感兆斯來。乃有九隴山禪僧師益貢章聞於先朝，乞結壇於塔下，果獲金骨，潛符聖心，以咸通十二年八月十九日得舍利於舊隧道之西北角。」也就是說受命者只毀碎了仿佛陀真身靈骨所製的附屬品（影骨）來搪塞朝廷，而將真的佛指舍利藏了起來。至於是誰敢冒此誅殺九族的罪名密藏佛骨，而這些影骨製於何時等種種疑問，至今皆不得而知。
法門寺出土的這四枚佛指舍利。其中三枚皆是白玉質地，分別藏於雕工精緻的層層金銀寶函之中，也就是《誌文》碑裡記載的「影骨」。而意外地在地宮後室密 龕挖出的鐵函中、靜卧在刻有「奉為皇帝敬造釋迦牟尼真身寶函」的另外一枚舍利。則是歷劫不減、目前世界上唯一。
根據《長阿含經》中記載，阿難在佛陀涅槃之前，曾詢問佛陀該如何處理其後事？佛陀告知應以轉輪聖王的葬法安葬：用香湯洗淨身軀、後以棉布纏裹、五百張毯子覆體，然後放置在三種不同材質的棺槨之中，最外層為旃檀香槨、裡層為鐵槨、以及最裡層的金棺，而金棺內需澆注香油。接著在旃檀香槨四周堆積各類香木、香花、厚衣，然後引火焚化。之後點拾舍利於四周路衢起塔廟供養，意即有佛舍利塔處，即有佛之法身。不久後，佛陀在拘戶那揭羅城的梭羅樹下涅樂，荼毗後果然留下手指骨、牙齒、頭蓋骨、以及難以計數的紅、白、黑等晶瑩「舍利」。鄰近的七個國家國王聞訊，隨即下令以象、馬、車、步四兵欲來爭奪舍利。最後依一位婆羅門的建議，將舍利分為八分，由各國各自攜回供養。
兩百年後，阿育王統一印度，後來因感殺孽深重而虔誠懺悔，從而接受佛教思想的教化，不但立佛教為印度國教，傳說並挖掘出八王所修建的佛塔，將全部的佛陀舍利分為八萬四千份，由僧眾及信眾帶著舍利及佛經到世界各地弘揚佛法。從法門寺出土的《誌文》碑中亦有描述。後來西域沙門僧釋利房一行十八人，即帶著包括法門寺的佛指舍利在內的十九份佛陀舍利，經過三年長途跋涉來到中國，時為西元前二四二年的秦帝國，釋利房等人認為因緣不合，故先將所帶來的舍利暫埋於美陽。三百年後，藏有十九枚佛陀舍利的長頸 壺及記載翔實的梵文青磚，重新被東漢時的高僧安世高所尋獲 。於是桓帝下旨於全國「六殊勝境、八吉祥地」建塔供奉，包括阿育王寺( 今法門寺 )之歧山南塔、會稽鄮縣塔、金陵長干塔、青州東城塔、河東蒲板塔、瓜州東古塔、沙洲大乘寺塔、涼州姑臧塔、洛州故都西塔、甘州刪丹縣塔、晉州霍山南塔、代州城東古塔、益州福感寺塔、晉源縣塔、鄭州超化寺塔、懷州妙樂寺塔、并州敬名寺塔、榆社縣塔、魏州臨黃縣塔等十九座舍利寶塔。
然而隨著幾次大規模的滅佛行動，全國之舍利塔及佛寺幾乎被破壞殆盡。而安放有佛指舍利的唐朝四大名寺，其中代州五台山塔和終南山五台寺的佛指舍利皆毀於唐武宗時的「會昌法難」；而普光寺則在清康熙年間塌陷於洪澤湖，佛指舍利早已沒入湖底；也難怪當法門寺重獲佛指舍利，全世界的人們會掀起這麼大的「佛骨旋風」。